A Filozófiai Kutatóintézet általános küldetése, hogy ápolja a magyar filozófiai kultúrát; kutatásokat végezzen az egyetemes filozófiatörténet és a filozófia különböző diszciplínái terén, azok eredményeit a nemzetközi szakma számára hozzáférhetővé tegye; a filozófia nemzetközi eredményeit magyar nyelvű filozófiai alkotásokkal és szövegkiadásokkal közvetítse a magyar kultúra számára.

A Irodalomtudományi Kutatóintézet a magyar nemzeti kulturális örökség irodalomtörténeti korpuszának alapkutatási intézménye. Rendszerszerűen tanulmányozza a magyar irodalomtörténet korszakait, irányzatait, műfajait, alkotóit, művészeti elveit és intézményeit a reneszánsz kortól a 20–21. század fordulójáig.

A Művészettörténeti Kutatóintézet a magyar művészet történetének teljességét kutatja az államalapítástól napjainkig. Feladata a magyarországi építészet, képző- és iparművészet történetének szisztematikus feldolgozása és közzé tétele, az ezzel kapcsolatos dokumentumok gyűjtése, megőrzése és nyilvánosságuk biztosítása.

A Néprajztudományi Kutatóintézet feladatvállalásai kiterjednek a magyar néprajztudomány, az etnológia, a folklorisztika, valamint a kulturális- és szociálantropológia jelentős területeire és mind a történeti dimenziójú, mind a jelenkori és az alkalmazott vetületeket érintő kérdésekre egyaránt fókuszál.

A Régészeti Kutatóintézet az élelemtermelő társadalmak kialakulásától a kora újkorig terjedő nyolc évezredet átfogó komplex, módszertanilag is iránymutató kutatásokat végez, elsősorban a Kárpát-medencében. Meghatározóak a településrégészeti, mikroregionális és topográfiai kutatásai, és ezek nyomán jelentős emlékek, köztük világi és egyházi központok monografikus feldolgozása és az eredmények igényes népszerűsítése (Antaeus, Hereditas Archaeologica Hungariae).

A Történettudományi Kutatóintézet fő feladata a magyar társadalom és állam történetével kapcsolatos alapkutatások végzése, kézikönyvek (különösen forráskiadások) és összefoglaló művek készítése, az új kutatási eredmények szakszerű publikálása és széles, magyar és nemzetközi körben terjesztése, a szakma hazai és nemzetközi intézményeivel való kapcsolattartás, a magyar történészek nemzetközi szereplésének összefogása és súlyának növelése, valamint a magyarországi közgondolkodás formálása.

A Zenetudományi Intézet tevékenysége a magyar zenetudomány Kodály Zoltánig és Szabolcsi Bencéig visszanyúló módszertani hagyományai szellemében komplex módon ötvözi a történeti zenei és a zene-, illetve táncfolklorisztikai kutatásokat, ugyanakkor nyitottan, érzékenyen és kreatívan viszonyul a 21. század tudományos-szellemi áramlatai felől érkező impulzusokhoz.

Az Archeogenomikai Kutatóintézet 2021 márciusában vált önállóvá, miután az Archeogenetikai Laboratóriumot leválasztották a BTK Régészeti Intézetről. Célkitűzése, hogy genetikai eszközökkel teljességében feltárja a Kárpát-medence népesedéstörténetét, a régió archaikus és jelen populációit érintő kutatási programok megvalósításával.

A Moravcsik Gyula Kutatóintézet feladata az antikvitás írott örökségének kutatása, szöveges emlékeinek feltárása, feldolgozása, a vele kapcsolatos ismeretanyag karbantartása és gyarapítása, különös tekintettel a hazai örökségre. A feladatok eredményes elvégzéséhez a munkatársak a nagy tudománytörténeti múltra visszatekintő klasszika-filológia módszertanára támaszkodnak, ez fogja össze a munkatársak különböző korokra és más-más területre összpontosító kutatómunkáját.