A kutatóközpont intézeti szintű szervezeti egységei:

ELTE HTK Archeogenomikai Kutatóintézet
Institute of Archaeogenomics, ELTE Research Centre for the Humanities 

Igazgatóság, elérhetőségek

ELTE HTK Filozófiai Kutatóintézet 
Institute of Philosophy, ELTE Research Centre for the Humanities 

Igazgatóság, elérhetőségek

ELTE HTK Irodalomtudományi Kutatóintézet
Institute for Literary Studies, ELTE Research Centre for the Humanities

Igazgatóság, elérhetőségek

ELTE HTK Művészettörténeti Kutatóintézet
Institute for Art History, ELTE Research Centre for the Humanities

Igazgatóság, elérhetőségek

ELTE HTK Moravcsik Gyula Kutatóintézet
Gyula Moravcsik Institute, ELTE Research Centre for the Humanities

Igazgatóság, elérhetőségek

ELTE HTK Néprajztudományi Kutatóintézet 
Institute of Ethnology, ELTE Research Centre for the Humanities

Igazgatóság, elérhetőségek

ELTE HTK Régészeti Kutatóintézet
Institute of Archaeology, ELTE Research Centre for the Humanities

Igazgatóság, elérhetőségek

ELTE HTK Történettudományi Kutatóintézet 
Institute of History, ELTE Research Centre for the Humanities Network

Igazgatóság, elérhetőségek

ELTE HTK Zenetudományi Intézet 
Institute for Musicology, ELTE Research Centre for the Humanities

Igazgatóság, elérhetőségek