2002 és 2005 között, utolsó munkájaként, Tóth István György 1142 missziós levelet publikált négy kötetben, 3061 oldalon az 1572 és 1717 közötti esztendőkből. Ez a kiadványa minden kétséget kizáróan élete fő művének tekinthető, amelynek szakmai súlyát, hatását, utóéletét egyelőre csak sejteni lehet. Annyi azonban már most is bízvást megállapítható: ezek a kötetek a kora újkori magyar és balkáni történelem egyik legfontosabb dokumentumgyűjteményei lesznek a mai és későbbi korok szakemberei számára. A Magyar Királyság, az Erdélyi Fejedelemség és a hódolt Magyarország területén működő misszionáriusok levelei nemcsak mennyiségileg gyarapították a rendelkezésünkre álló forrásbázist, hanem egy új, eddig csak nyomaiban ismert aspektusból világítják meg a vizsgált másfél évszázad történetét. A három országrészben működő misszionáriusok tudósításai nemcsak a korabeli Magyarországra vonatkozó ismereteinket bővítik számos új adattal és szemponttal, hanem a missziós egyházszervezet működésének, a Szentszék magyarországi egyházpolitikájának feltárásához is nélkülözhetetlen, eleddig teljességgel ismeretlen forrásbázist jelentenek. Az első kötet egy bevezető tanulmányt és az első 242 forrást tartalmazza.
